“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
378
FILOGENETIK SHAJARA DARAXTI BIOINFORMATIK USULDA O‘RGANISH
Odiljonova Munavvarxon Sherzod qizi,
Andijon davlat universiteti Biologiya ta’lim yo‘nalishi talabasi
dilfuzamahmudova6767@gmail.com
Dusmatova Gulbahor Abdurashidovna
Andijon davlat universiteti Genetika va biotexnologiya kafedrasi dotsenti
baxora2111@gmail.com
https://doi.org/10.5281/zenodo.15603496
Annotatsiya:
Filogenetik tahlil va evolyutsion aloqalarni aniqlashda "Mega dasturi"dan
samarali foydalanilgan. Tadqiqotda biologik ob’ektlarning genetik o‘xshashlik va farqlilik darajasini
aniqlash maqsadida molekulyar markerlar (masalan, DNK ketma-ketliklari) asosida filogenetik
shajara daraxtlari qurildi.
Tayanch iboralar:
Neighbor joining, Maximum Likelihood, UPGMA, biologic sistematika,
ekologik monitoring, DNK ketma ketliklari, filogenetik rekonstruksiya.
Аннотация
:
Эффективно
используется
программа
«
Мега
»
для
филогенетического
анализа
и
выявления
эволюционных
связей
.
В
ходе
исследования
были
построены
филогенетические
деревья
на
основе
молекулярных
маркеров
(
например
,
последовательностей
ДНК
)
для
определения
степени
генетического
сходства
и
расхождения
биологических
объектов
.
Ключевые
слова
:
метод
соседнего
присоединения
,
метод
максимального
правдоподобия
,
UPGMA,
биологическая
систематика
,
экологический
мониторинг
,
последовательности
ДНК
,
филогенетическая
реконструкци
.
Abstract:
Effectively uses the "Mega" program for phylogenetic analysis and identification
of evolutionary relationships. In the study, phylogenetic trees were constructed based on molecular
markers (e.g., DNA sequences) to determine the degree of genetic similarity and divergence of
biological objects.
Key words:
Neighbor joining, Maximum Likelihood, UPGMA, biological systematics,
ecological monitoring, DNA sequences, phylogenetic reconstruction.
Mega dasturi yordamida ketma-ketliklarni tahlil qilish, ularni hizmatlash (alignment),
evolyutsion masofalarni hisoblash va daraxt strukturasi qurish bosqichlari avtomatlashtiriladi.
Dasturda qo‘llaniladigan algoritmlar - UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood filogenetik
rekonstruksiyaning aniqligi va ishonchliligini ta’minlaydi. Tadqiqot natijalari orqali tahlil qilingan
organizmlar orasidagi filogenetik munosabatlar aniqlanib, ularning evolyutsion tarixini tushunishda
muhimdir. Shunda, dastur bo‘yicha o‘zimizga kerakli organizmlarni filogenetik shajara daraxtini
tuzish mumkin bo‘ladi [4].
Buning uchun, DNK ketma-ketliklarini tayyorlashda tahlil qilinadigan organizmlarga oid DNK
yoki oqsil ketma-ketliklari NCBI GenBank yoki boshqa biologik ma’lumotlar bazalaridan FASTA
formatida yuklab olinadi. MEGA dasturining ichki vositasi yoki ClustalW algoritmi yordamida
ketma-ketliklar hizmatlanadi. To‘g‘ri hizmatlash filogenetik tahlilning aniqligini ta’minlovchi asosiy
bosqich hisoblanadi. Filogenetik daraxtni qurishda ketma-ketliklar orasidagi evolyutsion masofalarni
baholash uchun optimal model tanlanadi. Dasturda mavjud Kimura 2-parameter, Jukes-Cantor, yoki
Tamura-Nei kabi modellardan biri statistik mezonlar - AIC, BIC asosida tanlab olinadi. MEGA
dasturining Neighbor-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML) yoki UPGMA kabi algoritmlari
asosida filogenetik daraxt tuziladi. Har bir algoritmning xususiyatlari va biologik mosligi inobatga
olinadi. Daraxtlar turlarning evolyutsion munosabatlarini aniq ifodalash uchun radial yoki kladistik
ko‘rinishda taqdim etiladi[3].
Demak, Mega dasturi yordamida molekulyar filogenetik tahlil orqali tanlab olingan genetik
ketma-ketliklar asosida filogenetik daraxt tuziladi. MEGA dasturida amalga oshirilgan tahlillar
“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
379
natijasida o‘rganilgan organizmlar o‘rtasidagi evolyutsion aloqalar aniqlanib, ularning genetik
yaqinlik darajasi baholandi [1].
Filogenetik daraxtning shakllanishi hamda shoxlanish tartibi organizmlar orasidagi filogenetik
bog‘liqlikni ochib beradi. Natijalarga ko‘ra, ayrim taksonlar o‘rtasida yaqin evolyutsion munosabatlar
mavjud bo‘lib, ular bitta kladga birlashgan. Shu bilan birga, ba
ʼ
zi guruhlar o‘ziga xos mustaqil
evolyutsion chiziqlarga ega ekani filogenetik daraxtda yaqqol ko‘rinadi [2].
Bu holat tadqiq qilinayotgan turlar yoki populyatsiyalar o‘rtasida genetik diversifikatsiya
(turfa-xillik) jarayonining faol kechayotganini ko‘rsatadi. Olingan ma
ʼ
lumotlar molekulyar
filogenetika yondashuvi orqali taksonomik tasniflashning ilmiy asoslanganligini tasdiqlaydi. Shu
bilan birga, MEGA dasturining imkoniyatlari filogenetik munosabatlarni vizualizatsiya qilish va
statistik baholashda samarali vosita ekanini ko‘rsatadi.
Olingan natijalar orqali tahlil qilingan
organizmlar orasidagi filogenetik munosabatlar aniqlanib, ularning evolyutsion tarixini tushunishda
muhim ilmiy asoslar yaratiladi. Mazkur yondashuv biologik sistematikada keng qo‘llanish
imkoniyatiga ega. Bu dastur filogenetik shajara daraxtini tuzish uchun eng samarali va qulay dastur
deb hisoblanadi.
Foydalanilgan adabiyotlar
1.
Barry J. Hinnebusch. The bacterial nucleoid visualized by fluorescence microscopy of cells
lysed within agarose: comparison of Escherichia coli and spirochetes of the genus Borrelia. Journal
of bacteriology.
Т
. 1997.
№
7. B. 2228 - 2237. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books
2.
Louis-Marie Bobay. The evolution of bacterial genome architecture, Howard Ochman. //
Frontiers in genetics. 2017.
Т
. 8. B. 72. https://uz.genomics.uz
3.
Michele Trucksis. The Vibrio cholerae genome contains two unique circular chromosomes.
https://arxiv.uz
4.
Michael HerdmanThe evolution of bacterial genomes // The Evolution of Genome Size. 1985.
B. 37 - 68. https://treebase.org
