“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
368
BIOLOGIK MARTALIK KETMA-KETLIKLARNI MOSLASHTIRISHDA YUQORI
ANIQLIKNI TA'MINLASH
Ayubjonova Nozima Rahmatjon qizi
1
., Dusmatova Gulbahor Abdurashidovna
2
Andijon davlat universiteti Biologiya ta’lim yo‘nalishi talabasi
nozimayubjonov0410@gmail.com
Andijon davlat universiteti Genetika va biotexnologiya kafedrasi dotsenti
baxora2111@gmail.com
https://doi.org/10.5281/zenodo.15603042
Annotatsiya:
T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment
Evalluation) tekislanishni baholash uchun daraxtga asoslangan izchillik maqsadi funksiyasi
progressiv yondashuvdan foydalangan holatda bir nechta ketma-ketlikni tekislash dasturidir. U bir
necha ketma-ketlikni moslashtirishga rahbarlik qilish uchun juftlik hizalamalari kutubxonasini
yaratadi.
Tayanch iboralar:
Bayesian inference, sitoxrom oqsil, PIR, MSF, FASTA, ClustalW,
ClustalX, T-Coffee, hizalamalar, PDB, filogenetik daraxt.
Аннотация
:
T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment Evaluation)
—
это
программа
для
множественного
выравнивания
последовательностей
,
использующая
прогрессивный
подход
и
целевую
функцию
,
основанную
на
согласованности
с
деревом
.
Она
создает
библиотеку
парных
выравниваний
,
которая
направляет
выравнивание
нескольких
последовательностей
.
Ключевые
слова
:
Байесовский
вывод
,
белок
цитохрома
, PIR, MSF, FASTA, ClustalW,
ClustalX, T-Coffee,
выравнивания
, PDB,
филогенетическое
дерево
.
Annotation:
T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment Evaluation)
is a multiple sequence alignment program that uses a progressive approach with a consistency-based
objective function. It constructs a library of pairwise alignments to guide the alignment of multiple
sequences.
Keywords:
Bayesian inference, cytochrome protein, PIR, MSF, FASTA, ClustalW, ClustalX,
T-Coffee, alignments, PDB, phylogenetic tree.
T-Coffee dasturi (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment Evaluation) ko‘p
martalik ketma-ketliklarni (MSA) moslashtirish uchun ishlab chiqilgan bioinformatik vositadir. Bu
dastur ilmiy tadqiqotlarda keng qo‘llanilib, turli olimlar tomonidan biologik ketma-ketliklarni tahlil
qilishda foydalanilgan [2]. Cédric Notredame, Desmond G. Higgins va Jaap Heringa "T-Coffee: A
novel method for fast and accurate multiple sequence alignment" mavzusida tadqiqot o’tkazishgan.
Ushbu tadqiqotda T-Coffee dasturining asosiy algoritmi taqdim etilgan bo‘lib, ko‘p martalik ketma-
ketliklarni moslashtirishda yuqori aniqlikni ta'minlash usullari ko‘rib chiqilgan. Orla O'Sullivan,
Desmond Higgins va Cédric Notredame "Multiple alignments of sequences and structures using T-
Coffee" mavzusida tadqiqiot olib borishgan. Ushbu ishda T-Coffee dasturining ketma-ketliklar va
ularning tuzilmalari asosida moslashtirish imkoniyatlari o‘rganilgan. Iain M. Wallace, Orla
O'Sullivan, Desmond G. Higgins va Cédric Notredame "M-Coffee: combining multiple sequence
alignment methods with T-Coffee" mavzusida izlanish olib borishgan. Bu tadqiqotda M-Coffee deb
nomlangan metod taqdim etilgan bo‘lib, u bir nechta moslashtirish usullarini birlashtirib, yakuniy
moslashtirishni yaratadi [1]. T-Coffee.dagi eng so'nggi yaxshilanish shablonga asoslangan bir nechta
ketma-ketlikni moslashtirish konsepsiyasining rivojlanishi bo'ldi. Shablonga asoslangan tekislash
vositasi sifatida ishga tushirilganda, https://www.ebi.ac.uk/training orqali kiriladi [3]. T-Coffee
birlamchi kutubxonani yaratish uchun boshqa protseduradan foydalaniladi: ketma-ketliklarni
to'g'ridan-to'g'ri tekislash o'rniga, u har bir kirish ketma-ketligini shablon bilan bog'laydi, so'ngra har
bir juft shablonni tegishli tekislagich bilan tekislaydi va natijada olingan hizalamalarni asl ketma-
ketliklarga loyihalashtiradi. T-Coffee dasturida quyidagi ketma-ketlikda ish olib boriladi:
“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
369
Bunda, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books.da maqsadga muvofiq taxlil qilish mumkin
bo‘ladi. Dasturda “Submit” orqali taxlilni boshlanishi hamda ishning yakunlanganligi ko’rinadi.
“View results”.da dastur hosil qilib bergan tekislangan nukleotidlar qatori kelib chiqadi.
Shu bilan birga, dasturdan foydalanishda “Phylogenetic tree” bo’limida filogenetik daraxt
tuzishni amalga oshiriladi. “Aligments” bo’limida esa - dastur hosil qilib bergan hizalamalar ekranda
paydo bo’ladi [1].
Demak, T-Coffee (Tree-based Consistency Objective Function for Alignment
Evalluation) tekislanishni baholash uchun daraxtga asoslangan izchillik maqsadi, funksiyasi,
progressiv yondashuvdan foydalangan holatda bir nechta ketma-ketlikni tekislash dasturidir.
Kutubxonada kiritilgan ketma-ketlik o'rtasidagi o'zaro moslashuv moslamalari ma'lumotlarini ko'rib
chiqqani uchun, algoritm ClustalW-ga qaraganda aniqroq. Bundan tashqari, u ilgari olingan bir nechta
ketma-ketliklarni birlashtirishi mumkin va so’nggi versiyalarda PDB fayllaridan (3D-Coffee) tizimli
ma’lumotlardan foydalanishi mumkin. Eng keng tarqalagan kirish formatlarini qo’llab-quvvatlanadi
( FASTA, PIR). Shunday qilib, u ko'proq turli xil ketma-ketlikni tasvirlanish uchun foydali.
Foydalanilgan adabiyotlar
1.
Глушков
А
.
В
.,
Вишневская
А
.
Г
. – “
Биоинформатика
.
Основы
и
приложения
”–
М
.:
Физматлит
, 2012.
2.
Чубаров
.
Ю
.
В
.- “
Биоинформатика
:
анализ
геномных
последовательностей
” —
М
.:
МГУ
, 2008.
3.https://www.ebi.ac.uk/training
