“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
343
OQSIL STRUKTURASINING 3D MODELLARINI SHAKLLANTIRISH
Abdug'aniyev Jasurbek Baxromjon o‘g'li
1
, Umarova Gulnoza Abdurashidovna
2
Andijon davlat universiteti Biologiya ta’lim yo‘nalishi talabasi
1
Andijon davlat universiteti Genetika va biotexnologiya kafedrasi o‘qituvchisi
2
abduganiyevjasurbek195@gmail.com
https://doi.org/10.5281/zenodo.15601875
Anotatsiya:
Anotatsiya: I-TASSER dasturida - oqsil strukturalarini modellashtirish uchun
mo
ʻ
ljallangan bo‘lib, ular turli algoritmlarga asoslangan holda oqsilning uch o‘lchamli (3D)
strukturasini aniqlashga yordam beradi. I-TASSER - Iterative Threading ASSEmbly Refinement
dasturi oqsilning tuzilishini oldindan mavjud strukturaviy shablonlarga asoslangan holda threading -
ip o‘tkazish usuli orqali bashorat qiladi.
Kalit so‘zlar:
Bioinformatika, oqsil modellashtirish, I-TASSER, Modeller, 3D (uch o‘lchamli)
struktura.
Аннотация
:
Программы
I-TASSER
и
Modeller
широко
используются
в
области
биоинформатики
для
моделирования
структур
белков
.
Они
помогают
определить
трёхмерную
(3D)
структуру
белка
на
основе
различных
алгоритмов
.
Программа
I-TASSER - Iterative
Threading ASSEmbly Refinement
предсказывает
структуру
белка
с
использованием
метода
"threading" -
нитевое
выравнивание
на
основе
существующих
структурных
шаблонов
.
Ключовые
слова
:
Биоинформатика
,
моделирование
белков
, I-TASSER, Modeller, 3D-
структура
.
Abstract:
I-TASSER and Modeller are widely used in bioinformatics for protein structure
modeling. These programs help determine the three-dimensional (3D) structure of proteins based on
different algorithms. I-TASSER - Iterative Threading ASSEmbly Refinement predicts protein
structure using the threading method based on existing structural templates.
Keywords
: Bioinformatics, protein modeling, I-TASSER, Modeller, 3D structure.
Hozirgi zamon bioinformatikasi biologik makromolekulalarning, xususan, oqsillarning
tuzilishini kompyuter yordamida modellashtirish imkonini beruvchi kuchli vositalarga ega. Oqsilning
uch o‘lchamli (3D) strukturasini aniqlash uning biologik funksiyalarini tushunish, dori vositalarini
ishlab chiqish va genetik tadqiqotlarda muhim ahamiyat kasb etadi [2]. Shu maqsadda ishlab
chiqilgan I-TASSER dasturi bioinformatika sohasida keng qo‘llaniladigan ilg‘or vositalardan biridir.
I-TASSER dasturi
threading va molekulyar modellashtirish
usullarini birlashtirib, oqsil strukturasi
bo‘yicha aniq bashoratlar beradi [1].
I-TASSER - aminokislotalar ketma-ketligidan oqsil molekulalarining uch o‘lchamli tuzilishini
bashorat qilish uchun mo‘ljallangan bioinformatik usul bo‘lib, bu jarayonda oqsil ma’lumotlar
bazasidagi strukturaviy shablonlar aniqlanadi. To‘liq uzunlikdagi tuzilma modellarini yaratish
Monte-Karlo simulyatsiyalari
yordamida shablonlardan tarkibiy qismlarni qayta yig‘ish orqali
amalga oshiriladi. I-TASSER, xalqaro miqyosdagi CASP tajribalarida (oqsil tuzilishini bashorat
qilish bo‘yicha musobaqalar) eng muvaffaqiyatli usullardan biri sifatida tan olingan [2].
I-TASSER dasturi oqsil strukturalarini modellashtirishda muhim ro‘l o‘ynaydi. U
strukturaviy shablonlarga asoslangan threading va molekulyar modellashtirish orqali yuqori
aniqlikdagi prognozlar beradi.. Bu dastur ilmiy izlanishlarda, dori vositalarini loyihalashda hamda
oqsil funksiyalarini o‘rganishda keng qo‘llaniladi va bioinformatikaning rivojlanishiga katta hissa
qo‘shmoqda. Ularning algoritmik yondashuvlarini chuqur tahlil qilish oqsil strukturasini tushunishda
samarali yechimlar ishlab chiqishga imkon beradi [3].
Bundan tashqari, I-TASSER oqsilning tuzilishiga asoslangan funktsiyasini bashorat qilish
imkonini ham beradi. Bu jarayonda ligand birikish joylari, gen ontologiyasi va fermentlar komissiyasi
(EC) ma’lumotlari asosida taxminlar ilgari suriladi. Ushbu funksiya I-TASSERning Michigan
universitetidagi Yang Zhang laboratoriyasi tomonidan yaratilgan onlayn serveri orqali taqdim etiladi.
“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
344
Foydalanuvchilar o‘zlarining aminokislota ketma-ketligini yuklab, oqsilning tuzilishi va funksiyasi
haqida prognoz olishlari mumkin [2].
Xulosa qilib aytganda, I-TASSER dasturi oqsil strukturalarini modellashtirish sohasida muhim
vosita hisoblanadi. Bu dastur yuqori aniqlikdagi modellarni yaratish imkonini berib, oqsilning
fazoviy tuzilishini natija qilish uchun muhim ahamiyat kasb etadi. I-TASSER algoritmlari energiyani
minimallashtirish orqali optimal konformatsiyalarni tanlaydi, bu esa modellashtirilgan strukturani
tabiiy holatga yaqinlashtiradi. Shu sababli u nafaqat ilmiy tadqiqotlarda, balki dori vositalarini
loyihalash, genetik kasalliklarni tushunish, va biotexnologik mahsulotlar ishlab chiqishda ham keng
qo‘llaniladi. Bundan tashqari, dastur oqsil funksiyasini aniqlashda ham samarali vosita bo‘lib xizmat
qiladi. Hozirgi kunda butun dunyo bo‘ylab ko‘plab olimlar hali struktura jihatdan o‘rganilmagan
oqsillarning aminokislota ketma-ketliklarini tahlil qilish orqali ularning uch o‘lchamli tuzilishini I-
TASSER yordamida aniqlamoqdalar. Dastur mavjud strukturaviy modellar asosida yangi oqsillarning
tuzilishini prognozlash imkonini beradi, bu esa eksperimental tadqiqotlar bilan birgalikda oqsil
biologiyasini chuqurroq tushunishga yo‘l ochadi. Shu nuqtai nazardan qaralganda, I-TASSER
dasturining ilmiy-texnikaviy va amaliy qiymati nihoyatda yuqori bo‘lib, u bioinformatika sohasining
rivojlanishi, yangi biotexnologiyalarni yaratish va biotibbiyotda innovatsion yondashuvlarni ishlab
chiqishda katta rol o‘ynaydi. Dastur algoritmik jihatdan mukammal ishlab chiqilgan bo‘lib, uning
chuqur tahlili oqsil strukturasi va funksiyasi o‘rtasidagi bog‘liqlikni yanada aniqroq tushunishga
yordam beradi.
Foydalanilgan adabiyotlar
1.
Леск
А
.
М
.
Введение
в
биоинформатику
/Introduction to Bioinformatics.
М
.
БИНОМ
.
2009.
2. Model M.L. Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for
Biological Data. New York. 2009.
3.
Сетубал
Ж
.,
Мейданис
Ж
.
Введение
в
вычислительную
молекулярную
биологию
.
М
. 2007.
