“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
337
OQSIL STRUKTURALARINI RASMOL DASTURI ASOSIDA O‘RGANISH
Jumaboyeva Marjona Qaxramon qizi
1
., Umarova Gulnoza Abdurashidovna
2
Andijon davlat universiteti Biologiya ta’lim yo‘nalishi talabasi
1
Andijon davlat universiteti Genetika va biotexnologiya kafedrasi o‘qituvchisi
2
marjonajumaboyeva84@gmail.com
https://doi.org/10.5281/zenodo.15601751
Annotatsiya:
RasMol dasturi oqsil molekulalarining fazoviy (uch o‘lchamli) tuzilishini
vizualizatsiya qilish uchun foydalaniladi. RasMol orqali oqsillar, nuklein kislotalar va boshqa
biologik makromolekulalarning strukturasi chuqur tahlil qilinadi. Dastur Protein Data Bank (PDB)
formatidagi fayllar asosida molekulalarning uch o‘lchamli modellari shakllarida ifodalanadi.
Tayanch iboralar:
RasMol dasturi, Protein Data Bank (PDB), 3D strukturalar, oqsil
strukturalari, wireframe, ribbons, spacefill, color structure
Аннотация
:
Программа
RasMol
используется
для
визуализации
пространственной
(
трёхмерной
)
структуры
молекул
белков
.
С
помощью
RasMol
проводится
детальный
анализ
структур
белков
,
нуклеиновых
кислот
и
других
биологических
макромолекул
.
Программа
отображает
молекулы
в
виде
трёхмерных
моделей
на
основе
файлов
в
формате
Protein Data Bank (PDB).
Ключевые
слова
:
Программа
RasMol, Protein Data Bank (PDB), 3D-
структуры
,
белковые
структуры
, wireframe, ribbons, spacefill, color structure,
Annotation:
RasMol software is used to visualize the spatial (three-dimensional) structure of
protein molecules. Through RasMol, the structures of proteins, nucleic acids, and other biological
macromolecules are thoroughly analyzed. The software visualizes molecules as three-dimensional
models based on files in the Protein Data Bank (PDB) format..
Keywords
: RasMol software, Protein Data Bank (PDB), 3D structures, protein structures,
wireframe, ribbons, spacefill, color structure.
RasMol - bu oqsillar, nuklein kislotalar va kichik molekulalarni ko‘rish uchun mo‘ljallangan
molekulyar grafik dastur. RasMol 1992-yilda Rojer Sayle tomonidan yaratilgan, molekulalarni
vizuallashtirishning muhim ilmiy vositasi hisoblanadi. RasMol keng ko‘lamli arxitektura va
operatsion tizimlarda ishlaydi. Dastur molekula koordinatalari faylida o‘qiydi va molekulani
interaktiv ravishda ekranda turli rang sxemalarida va molekula tasvirlarida ko‘rsatadi. Dastur turli
formatlarni o‘qiydi: PDB, XMol, Cif CHARMm va boshqalar. RasMol dasturida ishlash tartibi
quyidagicha:
Ø
Dasturni o‘rnatish va ishga tushirish
·
Yuklab olish: RasMol dasturini rasmiy saytidan yuklab olinadi: openrasmol.org
·
O‘rnatish: Yuklab olingan faylni ishga tushirib, o‘rnatish bo‘yicha ko‘rsatmalarga amal
qilinadi.
·
Ishga tushurish: O‘rnatilgan dastur belgisini ikki marta bosib, RasMol dasturi ishga
tushiriladi.
Ø
PDB faylini ochish
·
PDB faylini yuklab olish: Protein Data Bank (PDB) saytidan kerakli molekulaning pdb
formatidagi fayli yuklab olinadi: rcsb.org
·
Faylni ochish: RasMol dasturida File
→
Open menyusi orqali yuklab olingan PDB fayli
tanlanadi.
Ø
Molekulaning ko‘rinishini o‘zgartirish
·
RasMol dasturida molekulani turli ko‘rinishlarda tasvirlash mumkin:
o
Wireframe (chiziqli skelet): Buyruq: wireframe
o
Backbone (asosiy zanjir): Buyruq: backbone
o
Ribbon (lenta ko‘rinishi): Buyruq: ribbons
“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
338
o
Spacefill (atom radiusiga mos to‘liq shakl): Buyruq: spacefill
o
Sticks (bog‘lar ko‘rinishi): Buyruq: sticks
Ø
Ranglash
·
Molekulaning turli qismlarini ranglash uchun quyidagicha:
o
Atom turiga ko‘ra ranglash: Buyruq: color cpk
o
Zanjir asosida ranglash: Buyruq: color chain
o
Strukturaviy elementlar asosida ranglash: Buyruq: color structure
Ø
Molekulani aylantirish va kattalashtirish
·
Aylantirish: Sichqonchaning chap tugmasini bosib, kursorni harakatlantiring.
·
Kattalashtirish: Shift tugmasini bosib, sichqonchaning chap tugmasini bosib, kursorni
yuqoriga yoki pastga harakatlantiring.
Ø
Rasmlarni saqlash
·
Tayyorlangan molekula tasvirini saqlash uchun: Menyu orqali: File
→
Export
→
Image
menyusi orqali rasm saqlanadi. Buyruq: write gif filename.gif
Demak, RasMol dasturida belgilangan tartiblarga amal qilgan holda oqsil strukturasini ko ‘rish
mumkin. Avvalo, PDB formatidagi oqsil faylini dasturga yuklab, uning umumiy fazoviy tuzilishini
tahlil qilindi. Dasturda mavjud turli ko‘rinishlardan (wireframe, backbone, ribbon) foydalanib,
oqsilning ikkilamchi va uchlamchi struktura elementlarini ajratiladi. Buyruq satri yordamida atomlar
va zanjirlarni tanlab, ranglash hamda vizual tafovutlar kiritiladi. Strukturani aylantirish,
kattalashtirish va fragmentlarini ko‘rsatish orqali oqsilning muhim qismlari chuqurroq aniqlanadi.
Adabiyotlar ro‘yxati
1.
Глушков
А
.
В
.,
Вишневская
А
.
Г
. – “
Биоинформатика
.
Основы
и
приложения
”–
М
.:
Физматлит
, 2012.
2.
Киселев
И
.
Ю
. – “
Введение
в
биоинформатику
”. –
СПб
.:
БХВ
-
Петербург
, 2006.
3.
Чубаров
Ю
.
В
.– “
Биоинформатика
:
анализ
геномных
последовательностей
” –
М
.:
МГУ
, 2008.
4. http://www.openrasmol.org
