“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
341
HISOBLASHNING OCHIQ RAMKASINI IZLASH ORF FINDER DASTURI
HAQIDA MA’LUMOT
Saidto‘rayeva Maftuna Xusniddin qizi
1
., Dusmatova Gulbahor Abdurashidovna
2
Andijon davlat universiteti Biologiya ta’lim yo‘nalishi talabasi
1
,
Andijon davlat universiteti Genetika va biotexnologiya kafedrasi dotsenti
2
baxora2111@gmail.com
https://doi.org/10.5281/zenodo.15601810
Annotatsiya:
ORF Finder (Open Reading Frame Finder) dasturida ishlash bosqichlarida -
DNK ketma-ketligidagi ochiq o‘qish ramkalarini aniqlash orqali oqsil kodlovchi qismlarni topishga
yordam beradi. ORF Finder vositasidan foydalanish orqali genetik materialdagi potensial genlarni
aniqlash, ularning kodlash imkoniyatini baholash va keyingi bioinformatik tahlillarga tayyorlash
mumkin. Ushbu dastur ilmiy tadqiqotlar, ayniqsa genetik tahlil va genom annotatsiyasi sohalarida
keng qo‘llaniladi.
Kalit so‘zlar
: O‘zbekcha ochiq o‘qiluvchi ramka, nukleotid ketma-ketligi, oqsil sintezi, genetik
kod, translatsiya, bioinformatika, dasturiy tahlil, aminokislota ketma-ketligi, genom, oqsil funksiyasi,
BLAST tahlili, DNK tahlili.
Аннотация
:
В
данной
статье
рассматриваются
этапы
работы
с
программой
ORF Finder
(
поиск
открытых
рамок
считывания
).
Программа
помогает
выявлять
кодирующие
участки
ДНК
,
определяя
открытые
рамки
считывания
.
Использование
ORF Finder
позволяет
исследователям
определять
потенциальные
гены
,
оценивать
их
кодирующую
способность
и
подготавливать
последовательности
для
дальнейшего
биоинформатического
анализа
.
Этот
инструмент
широко
используется
в
научных
исследованиях
,
особенно
в
области
генетического
анализа
и
аннотирования
генома
.
Ключевые
слова
:
открытая
рамка
считывания
,
нуклеотидная
последовательность
,
синтез
белка
,
генетический
код
,
трансляция
,
биоинформатика
,
программный
анализ
,
аминокислотная
последовательность
,
геном
,
функция
белка
,
анализ
BLAST,
анализ
ДНК
.
Annotation:
This article discusses the steps involved in using the ORF Finder (Open Reading
Frame Finder) tool. The program helps identify protein-coding regions by detecting open reading
frames within a DNA sequence. Through the use of ORF Finder, researchers can detect potential
genes, evaluate their coding capability, and prepare sequences for further bioinformatics analysis.
This tool is widely used in scientific research, particularly in genetic analysis and genome
annotation.
Key words:
open reading frame, nucleotide sequence, protein synthesis, genetic code,
translation, bioinformatics, computational analysis, amino acid sequence, genome, protein function,
BLAST analysis, DNA analysis.
Zamonaviy bioinformatika dasturlari genetik tadqiqotlarni tez va aniq bajarishga imkon beradi.
ORF Finder dasturi DNK ketma-ketliklaridan ochiq o‘qish ramkalarini aniqlashda keng qo‘llaniladi.
Genlarni aniqlashda ORF Finder dasturidan foydalaniladi, u NCBI tomonidan ishlab chiqilgan bo‘lib,
DNK ketma-ketligidagi ochiq o‘qish ramkalarini topishda yordam beradi [4].
Prokaryotik organizmlarda statistik yondashuv asosida ORF’larni aniqlovchi EasyGene dasturi
ham mavjud bo‘lib, u ORF’larni ahamiyati bo‘yicha tartiblaydi[3].
RNA tahriri natijasida yuzaga kelgan yangi ORF’larni aniqlashda FEDRO dasturidan
foydalanish mumkin, bu ayniqsa o‘simlik mitoxondriyal genomlarida muhimdir [3]. AlignWise
dasturi yordamida transkript ketma-ketliklarida mavjud bo‘lgan ramka siljishlarini aniqlab, tuzatish
mumkin [2].
DNK ketma-ketligidan ochiq o‘qish ramkalarini aniqlash uchun NCBI tomonidan ishlab
chiqilgan ORF Finder dasturi qo‘llanildi. Bu dastur 6 ta ramka bo‘yicha oqsil kodlovchi ketma-
“ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA
RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI”
xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari
adu.uz
universaljurnal.uz
342
ketliklarni aniqlaydi Tadqiqot natijalari EasyGene dasturi tavsiya qilgan mezonlar asosida baholandi
[3].
E.coli bakteriyasining genetik materiali ustida bioinformatik tahlil olib borildi. DNK ketma-
ketligi NCBI bazasidan olindi va ORF Finder dasturida analiz qilindi. ORF Finder dasturidan
foydalanib DNK ketma-ketliklaridagi genlarni aniqlandi. Escherichia coli bakteriyasining genetik
ketma-ketligi tahlil qilindi. NCBI ORF Finder dasturi orqali mazkur organizm DNKsi tarkibidan 389
ta aminokislotadan iborat bo‘lgan ochiq o‘qish ramkasi (ORF) aniqlandi. Bu oqsil ketma-ketligi
SmartBLAST orqali tahlil qilinib, nucleic acid dioxygenase ALKB oqsili bilan yuqori o‘xshashlikka
ega ekanligi tasdiqlandi. Bu esa mazkur oqsilning tirik organizmlarda muhim molekulyar
funksiyalarga ega ekanligini taxmin qilishga asos yaratadi. Umuman olganda, o‘tkazilgan tahlillar
bioinformatika metodlari yordamida molekulyar biologiya sohasida aniqlik va samaradorlikni
oshirish mumkinligini isbotladi. Ushbu yondashuv kelajakda genetik kasalliklarni aniqlash, dori
vositalari ishlab chiqish va genetik muhandislik yo‘nalishlarida keng qo‘llanilishi mumkin.
ORF Finder dasturida ishlash bo‘yicha asosiy qadamlar:
1. Sekans kiritish: Sizning DNK sekansini FASTA formatida kiriting.
2. Parametrlarni sozlash: Minimal ORF length, Start codon, va Genetic code kabi parametrlarni
sozlang.
3. Natijalarni tahlil qilish: Dastur sizga ORFni va protein tarjimasini taqdim etadi.
4. Natijalarni tahlil qilish: Agar kerak bo‘lsa, ORFlarning to‘g‘ri ishlashini tasdiqlash uchun
boshqa vositalardan foydalaning (masalan, BLAST yoki SMART). ORF Finder’dan foydalanishning
foydalari: Genetik tahlil: Bu dastur genetik sekanslardagi oqsil kodlash imkoniyatlarini tahlil qilish
uchun juda foydalidir.
Demak, E. coli bakteriyasining genetik materiali ustida bioinformatik tahlil olib borildi. DNK
ketma-ketligi NCBI bazasidan olindi va ORF Finder dasturida analiz qilindi. ORF Finder dasturidan
foydalanib DNK ketma-ketliklaridagi genlarni aniqlandi. Escherichia coli bakteriyasining genetik
ketma-ketligi tahlil qilindi. NCBI ORF Finder dasturi orqali mazkur organizm DNKsi tarkibidan 389
ta aminokislotadan iborat bo‘lgan ochiq o‘qish ramkasi (ORF) aniqlandi. Bu oqsil ketma-ketligi
SmartBLAST orqali tahlil qilinib, nucleic acid dioxygenase ALKB oqsili bilan yuqori o‘xshashlikka
ega ekanligi tasdiqlandi.
Foydalanilgan adabiyotlar:
1. Emms D.M., Kelly S. AlignWise: A tool for identifying protein-coding regions and
correcting frameshifts in ESTs and transcript sequences. BMC Bioinformatics 16. 2015. 269.
https://doi.org/10.1186/s12859-015-0813-8
2. Fassetti F., Giallombardo C., Leone O., Bianco L. Fedro: A tool for automatic detection of
new ORFs created by C
→
U RNA editing events in plant mitochondria. BMC Bioinformatics 20.
2019. 629. https://doi.org/10.1186/s12859-019-2696-6
3. Larsen T.S., Krogh A. EasyGene–a prokaryotic gene finder that ranks ORFs by statistical
significance. BMC Bioinformatics 21. 2003. https://doi.org/10.1186/1471-2105-4-21
4. National Center for Biotechnology Information NCBI. ORF Finder (Open Reading Frame
Finder). Retrieved from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder
5. Woodcroft B.J., Singleton C.M., Boyd J.A., Evans P.N., Emerson J.B., Zayed A.A., Tyson
G.W. OrfM: a fast open reading frame (ORF) prediction tool for metagenomic data. Bioinformatics
32(17). 2016. 2702–2703. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw241
